قد تم تمويل العيادة بالمرحلة التأسيسية من قبل:

•  مؤسسة المجتمع المفتوح (2006)  

كما وقد تم تمويل برامج العيادة من قبل:

•  مؤسسة الدياكونية  (2007-2009)  
• برنامج الأمم المتحدة الإنمائي UNDP  2011-2012   
• برنامج الأمم المتحدة الإنمائي UNDP   2013-2014  
• برنامج الأمم المتحدة الإنمائي 2014-2015 UNDP    
• برنامج الأمم المتحدة الإنمائي 2015-2016 "سواسية I" 
• برنامج الأمم المتحدة الإنمائي 2019-2021 "سواسية II"  

أما فيما يتعلق بتمويل مشاريع العيادة:

• مشروع تطوير وحدة الرصد والتوثيق في عيادة القدس لحقوق الإنسان Upgrading the Monitoring and Documentation Unit - AQHC / AQU   
• مشروع العدالة وحقوق الإنسان "المحاسبة الآن!" (2010)   

• مشروع مؤتمر "اللاجئين الفلسطينيين في العراق بين الواقع والحلول" (2008)